Separas las palabras con el signo + por ejemplo
miweb.com/buscar.php?q=php+yo+pepe
Luego haces un explode a $_GET['q'] con el signo +

$esto = explode("+", $_GET['q']);

Asi quedaria $esto[0], $esto[1] y $esto[2]
Luego seria tan facil como hacer un bucle for

for($i = 0; $i < count($esto); $i++) {
// Funcion para colorear
}


Saludos

No muchacho lo haces mal, tienes que hacer referencia a la array $esto.

for($i = 0; $i < count($esto); $i++) {
$resultado = trim(str_replace($esto[$i], &#39;<font color="#AA00FF">&#39;.$esto[$i].&#39;</font>&#39;, $resultado));
}
echo $resultado;


Ese seria el bucle,
Saludos!

Elimina el trim haber si quizas es eso...
Y porque no pones <font bgcolor, en lugar de font color.
Saludos!

Si usas el simbolo + en el GET se interpreta mal, usa simplemente espacios:

<?
$esto = explode (" ", $_GET[q]);
$resultado = "El php es un lenguaje de programacion Web...";
for($i = 0; $i <= count($esto); ++$i) {
$resultado = str_ireplace($esto[$i], &#39;<span style="background-color: #FFFF00">&#39;.$esto[$i].&#39;</span>&#39;, $resultado);
}
echo $resultado;
?>

Ejemplo: http://localhost/colorear.php?q=php%20web%20lenguaje
Nota: %20 es el equivalente del espacio.

Porque lo estas aplicando mal:

$mostrar[$_POST[sby]] = str_ireplace($esto[$i], &#39;<span style="background-color: #FFFF00">&#39;.$esto[$i].&#39;</span>&#39;, $mostrar[$_POST[sby]]);