Hola,
Bueno, para empezar, existen los programas escritos en C que son multiplataforma, el codigo fuente es el mismo, solo que lo compilas para uno u otro sistema operativo.
Respecto a programarlo en PHP, no le encuentro mucho sentido porque tendrías que tener un navegador abierto siempre con esa pagina. Ademas PHP está creado para hacer paginas webs dinámicas, que aunque no quiere decir que no se pueda hacer lo que pides con PHP, no es el mejor candidato para conseguirlo.
Yo te recomendaría hacerlo con Visual Basic, que es un lenguaje sencillo y te va a facilitar hacer esa tarea, aunque tendrás que conocer y estudiar un poco el lenguaje.
Aunque si aun así quieres hacerlo con PHP, ya te digo que no hay ningún problema, aunque a mi no me parece muy buena idea.
Links
- Ejemplo en Visual Basic del uso de funciones FTP
h ttp://www.example-code.com/vb/ftp.asp
- Funciones FTP de PHP
h ttp://es2.php.net/manual/es/book.ftp.php
- Ejemplo FTP en PHP (Subir un archivo)
http://www.jonasjohn.de/snippets/php/ftp-example.htm
Espero haberte ayudado,
Saludos