Alexx!!, es facil, perimero mira tus tablas que tengan el charset utf8-general-ci (tablas y campos, si las tienes en latin-swedish, cambialo mejor).
Luego en tu aplicacion php despues de conectar a la bd pon esto. . .
mysql_connect(blablabla. . . . .
mysql_query("SET NAMES utf8"); <- Esto es lo importante
Problema solucionado, ya no tendras mas problemas con Ñs y tildes

.