Como yo lo aria es crear un header, un footer y un index.
Ahora solo creando este código que iria en tu index.
<?php
include('header.php');
$contenido;
include('footer.php');
?>
Ahora solo tendrias que ir creando archivos, por ejemplo pagina.php. Simplemente asi no te funcionara ya que tendrias que asociarlo con las url, te pongo un ejemplo.
<?php
if($_GET['p'] == 'pagina') {
$contenido = 'esta es mi pagina';
}
?>
Solo tendrias que ir a index.php?p=pagina y te mostraria "esta es mi pagina" en el centro sin tener que ir poniendo el header, ni el footer.
Eso es todo, si no entiendes algo dimelo.
Saludos.