Reitero mi pregunta, aunque el peso se reduzca el servidor tiene que procesar y parsear el html, ¿compensa en terminos temporales?

La finalidad de este código es reducir el tráfico, si compensa o no depende de cada uno.

A mí me compensa, después de hacer un par de pruebas de rendimiento, los pocos milisegundos que pierde el servidor en parsear el código, se compensa con el tiempo de menos que tarda el navegador en renderizar la página, contando además con el ahorro de tráfico que es bastante considerable.

Por qué tienes la información dividida en dos tablas?
Lo más lógico sería tener toda la información de los usuarios en una misma tabla e ir actualizando la fecha de visita.

No entiendo muy bien qué quieres decir con eso de "sin discriminar" y no dices en qué formato guardas la fecha.
Si la guardas en segundos con la función time(), puedes ordenarlos así: ORDER BY fecha DESC

Efectivamente, pero si me dan un SO que salen cuadraditos en blanco, pues no atrae mucho que digamos...

Peor es que en vez de cuadraditos blancos, te salgan cuadraditos azules:

Que se dejen de tonterías al estilo MAC y se centren en el rendimiento.
Me da igual si al abrir una carpeta esta no cobra vida y empieza a dar vueltas y a hacer efectos con colores, mientras funcione bien.

Y para esto abres un hilo?

Entonces ¿El DELETE estaría fuera del bucle?. Es que no entiendo, como un solo delete haga eliminar todos los mostrados cuando
solo usamos uno. Lo que se me está ocurriendo es hacerlo con las ID ¿Sería mejor no?.

Pero si con el ID es como te lo puse en el código!
No entiendes cómo funciona un bucle verdad? El DELETE se repite por cada alerta que muestres.

http://es.wikipedia.org/wiki/Bucle_%28programaci%C3%B3n%29

Vale creo que ya lo he entendido, me he puesto cabezota. La cosa sería hacer un seclect y un mysql_num_rows
y mostrarla y una línea después borrarla, entonces sería así :


$query = mysql_query("SELECT * FROM alertados WHERE para = '".$_SESSION['nombre']."'");
while($alerta = mysql_fetch_array($query)){
echo "<script>alert(&#39;".$alerta[&#39;de&#39;]." te han mandando una alerta con el siguiente mensajes : ".$alerta[&#39;mensaje&#39;]."&#39;)";
mysql_query("DELET FROM alertados WHERE para = &#39;".$_SESSION[&#39;nombre&#39;]."&#39;");
}


¿Sería así?. He puesto el DELECT dentro de while para borrar todas las que se han mostrado ¿No?.
PD : Naveda, se supone que esto es un foro de PHP, pon algo para que salgan las etiquetas
para no tener que ponerlo manualmente, ya cansa.

No exactamente. Así lo que haces es borrar todas las alertas.
Tienes que borrar solo la que muestras:

<?php
$query = mysql_query("SELECT * FROM alertados WHERE para = &#39;".$_SESSION[&#39;nombre&#39;]."&#39;");
while($alerta = mysql_fetch_array($query))
{
    echo "<script>alert(&#39;".$alerta[&#39;de&#39;]." te han mandando una alerta con el siguiente mensajes : ".$alerta[&#39;mensaje&#39;]."&#39;);</script>";
    mysql_query("DELETE FROM alertados WHERE id = &#39;".$alerta[&#39;id&#39;]."&#39;");
}
?>
Suponiendo que cada alerta tiene un ID, esto debería funcionar.
También te has olvidado cerrar la etiqueta SCRIPT.