<?php
    /*
    Variables de Conexion MySQL
     */
    define('DB_HOST', 'localhost');
    define('DB_USER', 'xxxxxxx');
    define('DB_PASS', 'xxxxxxx');
    define('DB_DB', 'xxxxxxx');
    $conexiondb = mysqli_connect(DB_HOST,DB_USER,DB_PASS,DB_DB);

    /*
    Variables de Conexion Mikrotik
     */
      $id_mkt = $_SESSION["id_mkt"];

    //Consultamos el ID de la sesion para que concuerde con los datos en la BD
    $conexiondbmkt = mysqli_connect(DB_HOST,DB_USER,DB_PASS,DB_DB);
    $resultado=mysqli_query($conexiondbmkt,"SELECT * FROM mikrotiks WHERE id_mkt=".$id_mkt.";");
    $conteo=mysqli_num_rows($resultado);
    //ejecutamos la sentencia para traer los datos
    $ref=mysqli_fetch_array($resultado,MYSQLI_ASSOC);
    //asignamos las variables desde la BD
    $user_mkt = $ref['user_mkt'];
    $pass_mkt = $ref['pass_mkt'];
    $ip_mkt = $ref['ip_mkt'];
    //Definimos las variables de conexión de la consola mikrotik
    define('USER', $user_mkt);
    define('PASS', $pass_mkt);
    define('IP_MIKROTIK', $ip_mkt);
    ?>
Comorueba que la variable de sesión existe para ello debes al menos iniciar sesión con session_start(); y después comrobar que $_SESSION[loquesea]  existe, usa la función isset(variable) para comprobarlo

La consulta falla por que no recibe un identificador de la sesion.

Si la consulta falla, la variable que contiene el resultado no es de tipo mysql_result sinó bool (false en este caso)
Por tanto la función mysql_num_rows no funciona y tampoco mysql fetch