Tranquilo no te preocupes, no parece tan difícil como parece.
Bien para empezar en la tabla donde guardas los usuarios, crea un campo más al que vamos a llamar time.
Ahora crea un .PHP que vas a llamar como quieras, por ejemplo sumartime.php.
Dentro de sumartime.php, vamos a crear el código que va a introducir un valor dentro del campo, creado anteriormente, time.
Ok, como te he dicho previamente, para esto utilizaremos la función time(), que simplemente esta función lo que hace es devolver el tiempo en segundos que ha pasado desde, más o menos, 1970.
Sigamos, voy a contarte ahora como sería como crear el código y luego que lógica hemos empleado.
Lo que haremos será que cualquier usuario con 60 segundos en el campo time, sea un usuario que está conectado.
Para esto, en el sumartime.php, vamos a crear una variable que se llame $time y tenga como valor time()+60, quedaría así
$time=time()+60;.
A continuación insertaremos el valor de $time dentro del campo time, supongo que sabrás hacerlo, con un mysql_query.
Bien, ahora quedaría sacar los usuarios activos.
En el archivo en el que quieras mostrar los usuarios activos, vas a tener que hacer lo siguiente:
1. Haz una consulta en la que vas a sacar todos los usuarios, quedaría así:
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM usuarios");
$seleccion = mysql_fetch_array($consulta);
.
2. Saca en una variable el valor del campo time de la tabla de los usuarios, que vamos a llamar, por ejemplo, $time_usuario, quedaría así:
$time_usuario = $seleccion['time'];.
3. A $time_usuario, le vamos a restar time(), quedaría así:
$time_usuario = $seleccion['time']-time();.
4. Ahora haz una comprobación en la que todo usuario con time más grande de 0 está conectado y el que no, está desconectado, quedaría así:
$time_usuario>05. Si quieres sacar a todos los usuarios conectados de golpe, emplea un while, quedaría así:
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM usuarios");
while($seleccion = mysql_fetch_array($consulta)) {
$time_usuario = $seleccion['time']-time();
$usuario = $seleccion['usuario']; //Esta variable lo que hace es cojer los nombres de usuario de la BD de la tabla usuarios.
if($time_usuario>0) {
echo $usuario; //Aquí se mostrarían uno detrás de otro todos los usuarios que tienen 60 segundos activos, por así decirlo.
}
}
Bien como ves no es tan dificl, lo que hacemos es cojer el valor de time, sumarle 60 segundos y luego restarle con lo que nos quedarian 60 segundos, estos segundo se van a ir restando uno a uno. Para que se pueda comprobar que el usuario está conectado, haz un
include('sumartime.php');, a todos los archivos del sistema de usuario, así cada vez que el usuario abra por ejemplo el panel, se le sumarán 60 segundos y esto querrá decir que se está moviendo por el sistema y como consequencia que está conectado.
Suerte y Saludos!

Cualquier duda postea, ah y intenta leerte la explicación e intentarlo tu, no copies directamente el código que si no no vas a aprender nada, a mi no me importa volver a explicarlo si no te ha quedado claro.