Una simple mejora de tu código:
<?php
if(empty($_GET['mod'])){
include("modulos/noticias/index.php");
} else {
$mod = $_GET['mod'];
$pag = $_GET['pag'];
$ruta = "modulos/".$mod."/".$pag.".php";
if(file_exists($ruta)) {
include($ruta);
} else {
include("modulos/error/404.php");
}
}
?>
Las variables, como su nombre indica, son para contenidos VARIABLES, que pueden variar. Pero si estás creando variables cuyo contenido ya sabes cuál va a ser, pues lo ponemos directamente. ¿Me explico?

Yo quitaría lo de poner cada módulo en carpetas distintas, pero vamos, eso ya cada uno como quiera.
Por otra parte, ya habíamos hablado antes del
sistema de modulación (Para mí mejor que este, ya que restringe código no deseado y varias cosas más. )