Muy facil, si no quieres poner
javascript:perfil('carpeta1/carpeta2/archivo.php');
modifica la funcion para que siempre acceda a la misma carpeta:
<script language="javascript">
function perfil(URL) {
day = new Date();
id = day.getTime();
eval("page" + id + " = window.open('carpeta1/carpeta2/'+URL, '" + id + "', 'toolbar=0,scrollbars=0,location=0,statusbar=0,menubar=0,resizable=0,width=150,height=124,left = 152,top = 134');");
}
</script>
y ya luego, solo pones "javascript:perfil('archivo.php');" y siempre abrira /carpeta1/carpeta2/el>archivo>ke>kieras