Me parece que eso no es cierto.
La mayoria de los sistemas (de Windows XP hacia arriba, y todos los sistemas con nucleo Linux actuales) tienen la capacidad de instalar automaticamente tu disco duro SATA.
Lo que si es verdad es que si quieres instalar Windows XP (y solo de XP hacia abajo) en un disco duro SATA, necesitas meterle los drivers al CD de instalacion, porque sino no te reconoce el disco, ya que esta preparado para IDE.
La placa base, influir no influye demasiado, desde hace ya algun tiempo todas vienen con alguna entrada SATA. Lo que si puede pasar es que las nuevas solo tienen una ranuras IDE, y las demas son todas SATA, por lo que o bien tu disco duro es IDE y los lectores SATA, o bien al contrario, tu disco duro SATA, y los lectores IDE (como es mi caso) o bien todo SATA. Pero en cualquiera de los casos a ti no te afecta en absoluto.
Saludos