Esto deberias de ponerlo en un tema aparte, o en el k colocaste en PHP...
Pero, respecto a tu problema, al logearse deberias de introducir en la db en una tabla conectados:
user
time
Es obvio k se guarda, no?
Luego, incluyes un archivo en cada pagina k recorre con while cada resultado y a los k esten desconectados (a pasado X tiempo sin refrescar este archivo, ahora viene) se les suma este tiempo k tu eliges (si son 5 minutos pues al user le sumas 5*60 = 300 y borras el registro)
En este archivo, tambien aces update al user con los segundos k an pasado (time()-$row['time']) y actualizas en la tabla conectados...