La casualida que da la vida. Ayer justamente estube hablando con una persona sobre esto y si no recuerdo mal, creo que me dijo que se usaba JAVA. JavaScript no, JAVA

Tambien puedes usar .htaccess

php_value auto_prepend_file header.php
php_value auto_append_file footer.php

saludos!

No necesariamente tendrías que hacer cada archivo *.php con el diseño, podrías hacer una variable de url enlazando al include sin hacer tanto embole.
Haces un solo index.php, y ponés todo en una carpeta, en este caso, la llamaremos /modulos.
Pondremos un include y una variable de URL, en este caso, la nombraré twk

Primer ejemplo (modo fácil) en el que tendrás que crearle un archivo inicio.php a la carpeta /modulos
<?php 
if(empty($_GET[&#39;twk&#39;])) { 
 include("modulo/inicio.php"); 
 } else { 

 if(file_exists("modulos/".$_GET[&#39;twk&#39;].".php")) { 

 include("modulos/".basename($_GET[&#39;twk&#39;]).".php"); 

 } else { 
 
 echo &#39;<p><strong>ERROR 404</strong></p>
<p>El módulo $_GET[twk]; no existe.</p>
<p>Posibles errores: </p>
<p>El módulo no existe.</p>
<p>Problemas con tu navegador.</p>
&#39;; 
 } 
} 
?>

Segundo Ejemplo: Includes y variables de URL manualmente agregadas (si no quieres que te tire a una página de tu hosting en modo ERROR 404 (archivo inexistente) haz un archivo .htaccess con este codigo ErrorDocument 404 error404.php)

<?php
if($_GET[&#39;twk&#39;] == "" or $_GET[&#39;twk&#39;] == "inicio"){
   include("modulos/inicio.php");
}
elseif($_GET[&#39;twk&#39;] == "ejemplo2"){
   include("modulos/ejemplo2.php");
}
?>
Espero que te ayuden los codes estimado, y sea una mayor comodidad para tu desarrollo web.