En position el punto 0,0 es la esquina superior izquierda del objeto padre, es decir:
<div><!-- supongamos que esta a mitad de la página, como a unos 500px de alto y a 50px de la izquierda
<div id="midiv">
Este div tiene un margin de 20px
</div>
</div>
Al usar position() nos devolvera 20 y 20; pues es la distancia con su padre.
Sin embargo offset() devolvera 520 de alto y 70 de ancho, respecto a la pagina entera.
Es recomendable que uses offset, ya que usar .style.left/top no funciona correctamente si el objeto no tiene position:absolute, yo hice una vez una función que recorría cada elemento por encima para sacarlo, pero jQuery lo trae incorporado
