No tienes que usar obligatoriamente animate, pero es muy sencillo si lo usas.
La sintaxis es animate(opciones, velocidad, easing, callback)
opciones es un objeto (los objetos se hacen {algo:'pepe',algo2:'juan'}) que se va a ejecutar, por ejemplo, para subir un div 50px, podriamos usar {'top':'-=50px'} y restaria 50px al top (poco a poco) para subirlo
La velocidad es el tiempo que tarda en hacerlo, puedes usar slow, fast o normal o definir el tiempo en milisegundos.
Easing es un efecto, puede dejarse como null (o no ponerlo) para ignorarlo
El callback, es una funcion que se ejecuta al acabar la animacion, así cuando una acabe se ejecuta inmediatamente otra, por ejemplo:
$('div#midiv').animate({top:'-=50px'}, 500, null, function() { $('div#midiv').animate({left:'+=50px'}, 500); } );
Esto movería el div 50 pixeles arriba y LUEGO 50 a la derecha
Para hacerlo al mismo tiempo usarías sencillamente
$('div#midiv').animate({top:'-=50px','left:'+=50px'}, 500);
Depende que quieras hacer, de todas maneras si no te quedó claro puedes ver la documentacion de animate
http://api.jquery.com/animate/