Tienes que diferenciar entre una clase y un objeto.
La clase es el molde del que salen todos los objetos, es algo abstracto, y el objeto es algo concreto, se refiere a una "realidad", pero quiero decir, es conciso.
Tu puedes decir que la variable $color de tu OBJETO casa es azul, pero no tiene sentido que la variable $color de tu CLASE casa sea azul, porque una clase es abstracta y sus propiedades no están definidas, es un molde del que salen los objetos.
Es como al hablar de un libro.
Tu no puedes decir que el libro (clase) es azul, porque hay millones de libros y el ser azul no es un requisito para que algo sea un libro.
Pero sin embargo si puedes decir que el libro "La biblia de PHP5" (objeto) es naranja, porque eso es un objeto y es concreto, designa una realidad.
Instanciar una clase es crear un objeto de esa clase, es decir, usar ese "molde" (clase) para designar un objeto, por lo tanto, una "instance" es una clase instanciada, un objeto.
Espero que lo hayas entendido.
Los methods son funciones de las clases. Una función no esta incluido en una clase, es independiente, y un method (método) es una función de una clase.
Saludos!