Mas bien no te he podido entender, o si.
Lo que quieres decir es que extraes las tablas, las metes en el nuevo SQL y te salen mal... con "¿¡"
Eso es por que el backup no leera los codigos de acentos. Por que en la base de datos lo que pasa es que aun que pongas en FUNCIONES se lo toma como un codigo diferente y no lo previsualiza. Posiblemente sea eso...
¿Nunca te has preguntado como toda web que ha cambiado de hosting y ha cerrado no tiene las noticias que tenia?, los codigos de los acentos o caracteres especiales no los lee por que los tienes dentro de un archivo, por ejemplo: funciones_caracteres_noticias.php
Estoy por ayudar, asi que no te enfades mucho.