estas reemplazando \r y \n por <br>, o sea que mandaria 2 veces <br>, por eso te deja 2 espacios

Sería mejor que uses: nl2br();

Va, para mi es mejor...

Aqui no se dan codigos, pero porque sos un novato, te lo paso:

function corregir($arreglo)
{
$arreglo = str_replace("<","&lt;",$arreglo);
$arreglo = str_replace(">","&gt;",$arreglo);
$arreglo = str_replace("\'","'",$arreglo);
$arreglo = str_replace('\"',"&quot;",$arreglo);
$arreglo = str_replace("\\\\","\\",$arreglo);
$arreglo = str_replace(" ","-",$arreglo);
return $arreglo;
}

( re apuntatelo, pero bue )