Siempre es mejor tratar los datos en el momento en que los recibes y no dejar el tratamiento para otro momento.

Es decir, mejor proteger antes de meterlos.

   $code = "";
   $length = 8;
   for ($i=1; $i<=$length; $i++)
   {
      $character = chr(rand(97,122));
      $code .= $character;
   }

   $password = md5($code . $security_cod);

esto lo uso para codificar una contraseña que se crea aleatoriamente

$security_cod, lo tengo declarado en un archivo comun a toda la pagina.

luego mando la contraseña por email al nuevo usuario. (pero decodificada!!! --> $code)