bueno pues no estoy seguro si esto sirve en windows xp pero en windows 7 y windows vista si.
Comenzemos.
1. Inicio -> Todos los programas -> Accesorios -> Simbolo del sistema.

2. Dentro del simbolo del sistema copiamos "diskpart" sin comillas y damos enter/intro.

3. Te debe abrir una ventana nueva, esperamos que cargue y nos aparecerá algo como esto.

4. Teniendo tu pendrive conectado escribimos "list disk" sin comillas y damos enter/intro.

5. Nos aparecerá algo como esto:

6. Si sabemos que dispositivo es (lo detectamos por la capacidad) escribimos lo siguiente: "select disk #" sin comillas y cambian "#" por el numero de dispositivo que tengan y presionamos enter/intro.

7. Nos dirá que el dispositivo "x" está seleccionado.
8. Haora es solo escribir "clean" sin comillas y presionamos enter/intro.

9. Ya tenemos formateado nuestro pendrive (nos dirá un aviso que se ha formateado correctamente)
NOTA: A algunas personas les puede aparecer el usb sin formato, solo le damos formatear y nos dará error (a mi me dio error) y aparecerá el espacio y será totalmente utilizable.
Bueno esto es todo muchas gracias por visitar el tema.