Bueno hace tiempo entraba en una web, y mientras estabas dentro un admin ponia en la web:

Aviso del administrador:

bla bla bla

asi como en una ventana tipo javascript o jQuery y me gustaria saber como hacer eso mandar un mensaje a la index

Buenas, para hacer una alerta en Javascript se hace de la siguiente forma:

<script>alert("Tu alerta");</script>
Espero que sea eso lo que buscas

Son notificaciones, buscando en google con las palabras correctas, en este caso:

"notificaciones jquery" darás con lo que buscas.

http://www.kabytes.com/general/notificaciones-con-jquery/
http://innominepixel.wordpress.com/2010/03/05/tutorial-notificaciones-animadas-con-jquery/

Ya para que se muestre cada que tu envies una alerta tendrias que usar ajax