Hola buenas, miren quiero hacer algo como esto:
tener un formulario algo asi:

y cuando escriba el "mensaje" ejemplo "hola web"

salga en el index.php o html al medio de la pantalla tipo alerta javascript (obiamente hay que refrescar la web)
y eso seria lo otros codigo de refresh etc... los tengo pero nose como hacer esto soy nuevo en php recien
estoy aprendiendo pero necesito esto urgente saludos! 
si algue me puede solicitar algun codigo para entenderlo se lo agradeceria

Una pregunta:
La alerta es por usuario o por tiempo, es decir, cómo se rige para se lea (Me refiero en usuario a que se le envía a todos y el usuario que no la haya leído la lea)

osea se le envia solo a los que estan en la web solo en aquel momento

Ten en cuenta que sería más difícil (para mí) por lo que te pasaré a los que actualizan en 2 minutos de intervalo con la alerta ok.
Necesitas una tabla MySQL con los campos "id", "tiempo" y "texto"

Alerta.php:

<?php
include("conectar.php");
?>
<form method="post" action="">
Alerta: <input id="alerta" name="alerta" type="text" value="Alerta de ejemplo" /><br />
<input type="submit" id="envio" name="envio" />
</form>
<?php
if((isset($_POST[&#39;envio&#39;])) && (!empty($_POST[&#39;alerta&#39;]))) {
mysql_query("INSERT INTO alertas (tiempo, texto) VALUES (time()-120, ".$_POST[&#39;alerta&#39;].")");
echo "Alerta subida correctamente, se podrá ver por 2 minutos en la web";
}
?>


Index.php:

<?php
include("conectar.php");
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM alertas WHERE tiempo < ".time()-120."");
while($m = mysql_fetch_array($consulta)) {
echo "<script>alert(&#39;".$m[&#39;texto&#39;]."&#39;);</script>";
}
?>


No la he probado, no sé si funcione.

el index da el siguiente error:

Parse error: syntax error, unexpected '"' in /home/index.php on line 3

Te dije que no lo había probado, es un error de tipeo, reemplaza $consulta = mysql_query("SELECT * FROM alertas WHERE tiempo > ".time()-120."); por $consulta = mysql_query("SELECT * FROM alertas WHERE tiempo < ".time()."");
seria hací si no me equivoco?

Y utiliza el alerta.php de allá arriba que le cambie algo.

seria haci no=?
<?php
include("conectar.php");
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM alertas WHERE tiempo < ".time()."");
while($m = mysql_fetch_array($consulta)) {
echo "<script>alert('".$m['texto']."');</script>";
}
?>

tengo error en el index

Parse error: syntax error, unexpected T_VARIABLE in /home/a7598037/public_html/env/index.php on line 3

También no te puedo hacer todo, lo siento pero puedes también buscar los errores tú.