Hola!
No quiero decir que esto esté mal, pero desde el punto de vista de cifrado de contraseñas es un poco... "rara".
No estás "exagerando" la seguridad del cifrado exactamente, más bien limitando, es decir, empeorándolo (con perdón).
Supongo que el problema que tu querías solucionar es que a partir del hash puedan obtener la pass en alguna base de datos de contraseñas online, pero eso también puedes arreglarlo con opciones mucho mas simples y más seguras.
Para empezar, ¿tiene un usuario que acordarse de 3 parámetros para su contraseña? ¿Nombre, contraseña y código secreto?
Después, mirando el código, concretamente esta linea:
$crypto = $codigo[2].$contra[0].$nombre[2].$codigo[0].$nombre[0].$contra[1].$codigo[1].$contra[2].$nombre[1];
Nos damos cuenta de que solo usas $loquesea[2], $loquesea[1] y $loquesea[0], es decir, que el resto de la string no importa para dar lugar al hash, por lo tanto, todas estas combinaciones darían el mismo hash.
$codigo = "BugsBunny";
$contra = "Zanahoria23";
$nombre = "Elmer Fudd";
$codigo = "BugsBunny";
$contra = "Zanahoria22Hola3";
$nombre = "Elmer FudLOLOLOd";
$codigo = "BugsBunnyHAYQUEVER";
$contra = "Zanahoria";
$nombre = "Elmer Fud<-LAL";
Y luego por último cifras con sha1, md5 y sha1 de nuevo.
No está mal y es curioso, pero aplicaciones tiene pocas.
Conseguirías lo mismo haciendo sha1, md5 y sha1 añadiendo un salt, pero tendrás menos colisiones, y por lo tanto será mejor.
Es más, conseguirías lo mismo siemplemente haciendo md5($pass."TEXTO_SECRETO_QUE_SOLO_YO_CONOZCO"); (un salt con md5)
O incluso poniendo consecutivamente el usuario y después la pass y luego cifras.
Otra solución es que tengas en cuenta que las palabras pueden ser mayores de 9 caracteres, pero tener longitud diferente, y mezclar adecuadamente esas strings.
Por último, solo decir que no es buena idea usar vuestros propios algoritmos para cifrar contraseñas y demás.
Es mucho mejor usar algoritmos ya probados que usar uno propio.
No es que yo sepa mucho de cifrados, pero he asistido a un par de cursos y he escuchado a gente que entiende de esto, y es lo que siempre recomiendan.
Saludos!