En código no suele haber problemas porque es algo como... una cadena.
Primero viene una cosa, luego otra y así.
En el tema de diseño al menos a mí me cuesta más trabajo, porque implica también creatividad, imaginación y demás.
Yo por mi parte intento listar necesidades o puntos fuertes, como dice SoyJoaquin, y luego continúo desde ahí.
Por ejemplo: necesito dos barras, una central para texto y otra lateral para caja de facebook y demás.
Necesito un menú en la cabecera en el que quepan muchos enlaces.
Necesito que se vea de X manera (seria, profesional, divertida... lo que sea).
A partir de ahí hago un documento HTML 5 simple, y con las herramientas de desarrolladores de Google Chrome, o con Firebug de Firefox, voy modificando CSS hasta llegar a algo final, algo que me vaya gustando. A partir de ahí sigo la cadena: cambios cortos que me vayan gustando, hasta llegar al final.
Saludos!