El js si esta en el mismo servidor pero ese metodo no sirve para archivos externos o al menos a mi no me ha servido
por eso es que decidi pedir ayuda.
En el html ligo el js y en este hay una funcion pero al llamar a la funcion se pierde la referencia a la variable php
Puedes:
-Reasignar un valor a esa variable y volver a llamar la función (Eso depende del funcionamiento del script).
-Incluir el archivo JS a la pagina o al menos
la función que utilice esa variable para no hacerlo tan "saturado" (De igual forma lo cargará).
-Que el archivo no sea verdaderamente un archivo JS si no un PHP disfrazado.
Pienso que la dos es la mas acertada. No sé como esta estructurado ese archivo JS, pero siempre puedes manejar funciones de ambos lados, de igual manera, tienes que cargar ese archivo externo para incluirlo (Aveces queda en cache).